2016年4月23日 星期六

遺傳學新頁--表觀遺傳學



唸生命科學的人,除了科學最基礎的數、理、化外,接著要唸分子生物學 (molecular biology)、生物化學 (biochemistry) 以及基因學 (genetics),這樣才算入了門,初窺堂奧。

這本書名看似不起眼的書《遺傳密碼》[1] 是遺傳學的新頁。遺傳學以前的中心教條是生物靠 DNA 來遺傳性狀。基因偶而會發生無方向性的突變,在特殊的生態環境下會依基因的表現型經天擇後演化。主張「用進廢退」的拉馬克主義 (Lamarckism) [2] 被實驗證實是錯的:後天環境所獲得的性狀並不會移轉到下一代,一切都是 DNA編碼的作用。

但真的是這樣嗎?蘭迪傑托 (Randy Jirtle) [3] 2003年發表了令人驚奇的結果:剌豚鼠 (agouti mouse) 原來長的胖嘟嘟的,毛色是亮橘色。但只要在雌鼠孕期在食物加入了諸如膽鹼、維生素 B12、葉酸等,牠們的後代個頭就會變的比較小,毛色也會變成斑駁的褐色,這樣的小鼠也比較不受糖尿病和癌症的侵害。而這樣的性狀是會繼續遺傳下去的!

發生了什麼事?一個新的次學科表觀遺傳學 (epigenetics) [4] 在上世紀九O年代誕生了!在上述的例子中,剌豚鼠的 DNA的核苷酸序列並未被改變,但基因的表現型 (phenotype) 被改變了;最常見是透過甲基化 (methylation) [5],或者是組蛋白 [6] 修正 (histone modification)"Stably heritable phenotype resulting from changes in a chromosome without alterations in the DNA sequence"的定義是最近的共識,在染色體中不牽涉 DNA序列的改變而可以被穩定繼承的表現型,這就是表觀遺傳學

甲基化是指在基因的末段附加一甲基群,以啟動或壓抑基因的某一表現;組蛋白修正是改變基因組蛋白的展開或捲曲,使得基因的某一功能被啟動或壓抑。這兩種機制中基因序列都維持完好,只有在染色體的結構因甲基化或組蛋白被修正,因而導致基因的表現型發生改變。

表觀遺傳學的研究現在已蔚為叢林,例子當然不止這一個。有一對雙胞胎其中一位曾經在成長過程中受過霸凌。結果他的 SERT 基因啟動子 (promoter) 區域被甲基化,而 SERT 基因的功能是產生蛋白質將血清素 (serotonin) 移到神經元。被甲基化後,SERT 的功能被關小了!敏銳的讀者看到血清素應該馬上想到憂鬱症,這是抗憂鬱藥「百憂解」所要調控的神經傳導物質。另外皮質醇 (cortisol) 也降低了。皮質醇又稱「壓力賀爾蒙」,是人體用來對抗生活中壓力的機制,缺少皮質醇也是創傷後壓力症候群 (post-trauma stress syndrome) 的癥狀之一。即使某次的霸凌經驗在心中好似完全被抹去,但它仍悄悄的用標籤的方式貼在基因上,而且這樣的表觀會遺傳下去!經歷 911的孕婦產下的小孩就攜有這樣甲基化的標籤。



這本書當然不只是談表觀遺傳學。我每讀書翻到一個激動心智的例子,就在書頁上摺角,這本書摺角有二、三十個。人類的利手性 (handness) 是由跟纖毛有關的基因所決定的。有這方面基因缺陷的人會有「原發性纖毛運動障礙」 (primary ciliary dyskenesia),肺臟的肌肉及彈性組織最後都會停擺。患這種病的人也可能有「器官轉位」(situ inversus),器官左右置換。原因是胚胎發育初期,纖毛沒有正常運作,使得器官在發育時的定位出了問題。這讓我想起《劍雨》中的江阿生。

這本書還提到了一件事,不講不快。2000年有一塊隕石的碎片掉到加拿大西北的塔告什湖 (Tagish Lake)NASA 在隕石上居然發現胺基酸,而且這些胺基酸居然是左旋的!在實驗室裏可以合成胺基酸,左旋及右旋的各半;但生物身上的胺基酸,除了苷胺酸外,其它都有手徵性 (chirality),左旋或右旋的。地球上的生物偏好左旋的。參考文獻 [7] 是正經期刊的研究結果,它的結論傾向隕石上這些胺基酸不是受到污染,並且解釋了胺基酸手徵性的來源。對高能物理學家來說,最自然的解釋是由微中子 (neutrino) 所誘發的,微電子只有左旋的。從最小尺度的特性一路傳遞到大尺度,這就是混沌的本質。

這本書還提了安潔莉娜裘莉痛苦的決定,這是不太久前的事,所以這本書內容夠新。中文版是今年三月才出版,還熱騰騰的。

References:
[7]: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1945-5100.2012.01400.x/full觀遺傳學


2016年4月17日 星期日

生命樹

這個生命樹重新整理了生物演化的族譜。雖然熟悉生命科學的人已熟悉其大部份的內容。譬如生命大致分三大類:細菌 (原核生物,沒有細胞核)、古菌和真核生物 (有細胞核)。但是由於本世紀初基因圖譜序列技術的突飛猛進,以現在的新、舊的多種物種重新基因圖譜定序,再用電腦比較分析重建生命樹仍然會有新的發現。
人類及大多的多細胞生物屬於真核生物。有趣的是真核生物與我們稱之為古菌的在生命樹上有較親的血緣。植物的葉綠素及動物的粒線體都是古菌類與外來組織的共生結合後的結果。




追尋行星-KIC 8462852

這是 Kepler 號目前追蹤的奇怪行星,從 2009 年發現至今已有超過一萬篇文章討論它。

找行星不容易,因為行星本身不發光,也沒有無線電波,更沒有大到對旁邊的物質產生重力的影響。所以找行星通常是觀察其繞過其星系恆星時所遮住恆星的光,術語叫這段時間 transit。地球在 transit 時所遮住太陽的光的百分比在測量誤差之內;太陽系內最大行星木星所遮住的光為 1%

這個行星特別之處在其遮光比率超過十幾個百分比,體型巨大。不單如此,它遮光的行徑不對稱;翻成白話說,它可能不是球體,而行星自轉久了,應該是球形。好吧!假設它是年輕的行星。可是怪異之處不僅如此, 2013 年二月其遮光行徑非常詭異,遮光比例高達 20%,而且遮光行徑頻頻發生,比例上上下下的。最可能的解釋之一是一大群慧星流經或撞擊該行星。

尋找行星在天文學有特殊意義,這是尋找外星智慧生物的第一步。所以這行星可能有先進外星文明以巨大結構捕捉星體當能量?

我喜歡 TED。每次看這樣一場十幾分鐘的演講從頭到尾不吃螺絲,每個字清晰如臨場。我當過發言人、經常 roadshow,我知道要練習多少次才能夠達到這樣的境界。